Фильм «Годзилла, Мотра, Кинг Гидора: Монстры атакуют» разворачивается вокруг загадочной гибели субмарины у Гуама. Ветеран флота адмирал Татибана винит в этом древнее чудовище, уверенный, что спустя десятилетия Годзилла снова решил обрушить свой гнев на Японию. Его предположения многим кажутся паранойей, пока по всей стране не начинают происходить странные и необъяснимые события.
Расследовать эту череду катастроф берется дочь адмирала, журналистка Юрико. Её поиски приводят к встрече с пожилым учёным, который открывает ей невероятную правду. Оказывается, в мире существуют и другие титаны, древние стражи, отвечающие за разные стихии. Небесный владыка Кинг Гидора, морская защитница Мотра и земной исполин Барагон — лишь они могут противостоять пробудившейся ярости Годзиллы.
Картина становится не просто схваткой гигантов, а отчаянной попыткой человечества найти спасение в силах, которые оно не в силах контролировать. Юрико оказывается в центре этой бури, пытаясь не только доказать правоту отца, но и помочь объединить древних существ против общего, поистине всесокрушающего врага.